К серверным приложениям относятся как основные приложения для коммутации и микширования, так и дополнительные, позволяющие представлять абонентов других систем как собственных абонентов Синапс.
Серверные приложения не имеют интерфейса, их настройка осуществляется только через абонентские приложения контроля.
Основными приложениями являются Синапс Сервер и Синапс Сервер Резерв. Эти приложения управляют комплексом в целом (абонентскими устройствами и приложениями), осуществляя все необходимые элементарные операции (соединение точка-точка, групповое соединение, эхоподавление и т. п.). Доступными лицензиями управляет компонент Синапс Канал Связи.